目前保障性住房的房源筹集方式偏于单一，主要由政府主导自建各形态保障性住房，财政支出压力大，加重了政府债务负担。据财政部科研所的计算，目前中国在保障性住房方面的财政支出占GDP的比重、占总财政支出流量计的比重，均高于发达国家，也高于发展中国家。同时，保障房供给中还包括“限价商品房”、“经济适用房”等概念模糊、极易产生扭曲和设租寻租行为的品种，会增加公共资源误配置的发生率。

　　此外，目前，中国保障性住房建设任务采取中央定规模、然后层层向下分解的模式，这种模式没有充分考虑地区间经济发展差距，以及对保障性住房的需求差异。其结果是，最需要保障性住房的一些城市建设规模和可供房源不足，而不太需要保障性住房的城市有过量配置。而且，保障性住房的建设标准由国家统一规定，没有充分考虑不同地区人们的居住习惯和居住要求，搞“一刀切”，也导致有些地方，特别是县级城市，保障性住房适孔板流量计应性不足和闲置。

　　在广受关注的保障性住房分配问题上，贾康认为，目前中国对于保障性住房保障对象的确定，多采用收入标准和住房面积标准。但目前中国尚未形成完整的国民收入统计和住房统计系统，往往不能为确定保障对象提供数据支撑。在实际执行过程中，出现了各类闹剧和乱象：申请对象谎报瞒报收入和住房面积以骗取保障资格，相关管理部门和形形色色的中间人设租寻租，开着宝马车住经济适用房，保障性住房成了特权电磁流量计部门家属小区。

　　“居住隔离”现象：一是部分保障性住房位置偏僻，周边就业机会少，居住者远离工作地和服务区且交通不便；二是部分保障性住房小区功能配套不完备，缺少教育、医疗、体育、商业、文化活动等配套设施，生活不方便。